seonomad писал(а):
был создан custom/shop.xml в котором было исключено появления на сайте новых товаров
Не совсем корректное утверждение. При помощи custom/shop.xml
нельзя "исключить" какие-либо товары. При помощи custom/shop.xml вы просто добавили некоторым товарам ноду IsRewrited. А вот само исключение товаров было сделано непосредственно в шаблонах (tmpl-файлы) при помощи условия <TMPL_IF NAME="isRewrited">, которое фильтрует товары по ноде IsRewrited, определенной как раз через custom/shop.xml.
YML формируется, так же как и любая другая страница, на основе шаблона, этот шаблон называется /theme/yml.tmpl. И в нем вы можете использовать те же конструкции, что и в других шаблонах, например <TMPL_IF NAME="isRewrited">, которая отфильтрует товары по тому же самому флагу isRewrited.